—— 欧洲理事会 (European Council) ，即首脑会议，由成员国国家元首或政府首脑及欧盟委员会主席组成。１９７４年１２月欧盟决定，自１９７５年起首脑会议制度化，并正式称为欧洲理事会。负责讨论欧洲联盟的内部建设、重要的对外关系及重大的国际问题。首脑会议每半年举行一次正式会议和一次非正式会议，必要时还可召开特别会议。欧洲理事会主席由各成员国轮流担任，任期半年。顺序基本按本国文字书写的国名字母排列。现任欧盟轮值主席国为爱尔兰，任期为２００４年１月１日至６月３０日。欧洲理事会是欧盟的最高权力机构，在决策过程中采取协商一致通过的原则。理事会下设总秘书处。

——欧盟理事会 ，即部长理事会，主席由各成员国轮流担任，任期半年。

—— 欧盟委员会 (Commission of European Union) ，是欧盟的常设执行机构，总部设在比利时首都布鲁塞尔法律大街２００号一座十字形的大厦内。欧盟委员会负责实施欧盟条约和欧盟理事会作出的决定，处理日常事务，代表欧盟对外联系和进行贸易等方面的谈判。欧盟委员会由来自１５个成员国的２０人组成，其中法国、德国、英国、西班牙和意大利各有２人，其他成员国各１人。委员会设主席１名，副主席２名。现任欧盟委员会主席 普罗迪 ，１９９９年５月任职；欧盟负责外交和安全政策的高级代表 索拉纳 ，１９９９年任职。

—— 欧洲议会 (European Parliament) ，是欧洲联盟的执行监督、咨询机构，在某些领域有立法职能，并有部分预算决定权。欧洲议会可以２／３多数弹劾欧盟委员会，迫其集体辞职。议会大厦设在法国斯特拉斯堡，议会秘书处设在卢森堡；自１９７９年起，欧洲议会议员由成员国直接普选产生，任期５年。本届议会１９９９年６月经第５次直接普选产生，议员共６２６名。

此外，欧盟机构还包括设在卢森堡的 欧洲法院 和 欧洲审计院 。欧洲法院是欧盟的仲裁机构，负责审理和裁决在执行欧盟条约和有关规定中发生的各种争执。现有１５名法官和９名检察官，由成员国政府共同任命。欧洲审计院负责欧盟的审计和财政管理。审计院１９７７年成立，由１２人组成。

２００４年１月，英国国防部国际安全政策司司长尼克·威特尼被任命为欧盟防务能力发展、研发与军备机构筹备小组组长。欧盟防务能力发展、研发与军备机构的总体目标是从维护欧盟安全与防务政策出发，支持各成员国发展军事能力，包括危机处理、军备合作、军事技术研发以及创造“有竞争力的欧洲军事设备市场”等。欧盟理事会目前没有给这个军事机构正式命名，但规定欧盟负责外交与安全政策的高级代表是这个机构的首脑，各参与国的国防部长或其代表组成这个机构的最高决策会议，并任命一名首席执行官。

２００４年３月， 欧盟首脑会议在欧盟理事会大楼举行，会议发表了《反恐声明》 。任命荷兰前内政副大臣 德·弗里斯 为首位欧盟反恐协调员，欧盟反恐协调员将监管外交和内政的工作，类似于美国于“９·１１”事件后成立的国土安全部，负责协调欧盟成员国在反恐方面的行动、信息交流并制订具体反恐政策。会议决定采取的另一项反恐措施是，将欧盟与其它国家的经济合作与反恐合作联系起来。此外，会议采纳的紧急措施还包括改善欧盟国家间警察和情报部门的合作，使各国法律允许颁布共同的通缉令，加强边界控制和进行电话记录跟踪，筹措打击恐怖主义经费，建立欧洲恐怖嫌疑犯数据库等。